Ġnien San Filippu jew il-Ġnien tal-Ġeneral inbena maġenb is-Sur ta’ San Filippu mill-Gran Mastru Lascaris. Il-ġnien hu maqsum fuq żewġ livelli u jista’ jiġi aċċessat minn foss u permezz ta’ bieb li jitħaddem b’mekkaniżmu b’katina, magħruf ukoll bħala Sally Port. Il-livell t’isfel jinkludi ort taċ-ċitru u fih varjetajiet differenti ta’ frott taċ-ċitru. Il-livell ta’ fuq huwa kkaratterizzat minn għadd ta’ siġar maturi li jappartjenu għal speċijiet differenti ta’ pjanti minn madwar id-dinja u fiċ-ċentru tiegħu hemm funtana impressjonanti ċentrali fuq tliet livelli, magħrufa bħala l-Funtana ta’ Wignacourt, li nbniet fl-1615 u kienet tinsab oriġinarjament fi Pjazza San Ġorġ fil-Belt Valletta. Il-livell ta’ fuq tal-funtana ġie rrestawrat riċentement, u f’din il-parti tal-ġnien bħalissa qed jitħawlu pjanti li jifilħu għan-nixfa li joriġinaw minn reġjuni bijoġeografiċi differenti tad-dinja. L-għan huwa li dan il-livell tal-ġnien jiġi kkonvertit fi ġnien xott. Il-viżitaturi għalhekk ikunu jistgħu jitgħallmu dwar pjanti li huma adattati għal ambjenti xotti, bħas-savani u d-deżerti, u jitgħallmu dwar l-istrateġiji li jużaw dawn il-pjanti biex jgħixu f’kundizzjonijiet estremi bħal dawn. Il-pjanti għandhom jinkludu siġar, għadd ta’ kakti u sukkulenti, arbuxxelli, pjanti perenni u tal-basal.
